В 2131 году, после опустошающей неядерной войны, Земля превратилась в руины, а оставшиеся в живых обитатели планеты ищут новую надежду среди развалин. В этом хаосе, где грани между технологиями и человеческой сущностью стали размытыми, развивается сюжет аниме "Яблочное зёрнышко". Главная героиня, Дюнан Нат, солдат спецназа, уцелевшая в ходе войны, обнаруживает себя в сердце нового мира – городе Олимп. Олимп, ставший новым центром Земли, блистает достижениями науки и технологий. Здесь Нат находит новое призвание, поступив на работу в корпорацию "Тойотоми", ведущую в сфере создания роботов-помощников. Однако, за фасадом инноваций и прогресса скрываются тёмные секреты. Нат, обладая острым умом и несломленной волей, начинает подозревать, что в недрах компании происходят нечто большее, чем просто разработка технологий. Однажды она наталкивается на загадочную яблоню, среди руин Олимпа. Одно из её яблок начинает светиться и падает к её ногам. Это оказывается не обычный плод, а "Яблочное зёрнышко" — носитель записи, которую кто-то пытается передать научному сообществу. Заинтригованная, Нат решает раскрыть скрытую истину.
Вместе с ней в этом опасном путешествии участвуют её верные друзья: искусственный человек с человеческой душой и робот с непоколебимой верностью. Герои отправляются в путь на своих роботах, преодолевая многочисленные опасности и трудности. В ходе своих приключений они сталкиваются с тайнами и загадками, которые ведут их к удивительным открытиям о прошлом и будущем человечества. Постепенно становится ясно, что корпорация "Тойотоми" занимается созданием искусственных существ, наделённых сверхъестественными способностями. Но это лишь верхушка айсберга. Нат и её товарищи узнают о зловещих планах руководства корпорации, готового пойти на любые меры ради сохранения своей власти и влияния. Тайны, скрытые в недрах "Тойотоми", угрожают будущему человечества, и Нат должна найти способ остановить эту зловещую машину, прежде чем будет слишком поздно. В стремлении раскрыть правду и защитить человечество от новых угроз, Дюнан Нат и её команда столкнутся с самым важным вопросом: какова истинная цена прогресса и что значит быть человеком в мире, где границы между человеком и машиной становятся всё менее различимыми? "Яблочное зёрнышко" — это история о храбрости, дружбе и поиске истины в мире, где будущее человечества зависит от немногих смельчаков, готовых сражаться за правду.